Όργανα Διοίκησης της Σχολής είναι η Συνέλευση, το Διοικητικό Συμβούλιο και ο Πρόεδρος της Σχολής.

Η Συνέλευση απαρτίζεται από: 

• Τον Πρόεδρο της Σχολής,  Καθηγητή, Νικόλαο Νικητάκη (Εκλογές 2022 με διετή θητεία)
• Την Αναπληρωτή Πρόεδρο της Σχολής, Αναπληρώτρια Καθηγητήτρια, Σωτηρία Γκιζάνη 
• Τους Διευθυντές των Τομέων 

1. Τομέας Κοινωνικής Οδοντιατρικής, Καθηγήτρια, Αργυρώ Πολυχρονοπούλου
2. Τομέας Οδοντικής Παθολογίας & Θεραπευτικής, Καθηγητή, Φοίβο Μαδιανό
3. Τομέας Προσθετολογίας, Αναπληρωτή Καθηγητή, Νικόλαο Πολυχρονάκη
4. Τομέας Παθολογίας & Χειρουργικής Στόματος,  Καθηγητή, Χρίστο Αγγελόπουλο
5. Τομέας Βασικών Επιστημών & Βιολογίας Στόματος, Καθηγήτρια, Ευθυμία Κιτράκη

• Τους εκπρόσωπους των μελών Δ.Ε.Π. των Τομέων
• Έναν εκπρόσωπο από τα μέλη  Ε.Τ.Ε.Π
• Τους εκπρόσωπους των Φοιτητών του  Προπτυχιακού Προγράμματος, του Μεταπτυχιακού Προγράμματος & των Υποψηφίων Διδακτόρων

Για την ομαλή λειτουργία καθώς και για τη μελέτη ή διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων της αρμοδιότητας της Σχολής έχουν συγκροτηθεί οι  παρακάτω Επιτροπές Διοίκησης