Όργανα Διοίκησης της Οδοντιατρικής Σχολής είναι η Συνέλευση, το Διοικητικό Συμβούλιο και ο Πρόεδρος της Σχολής. Ο Πρόεδρος και ο Αναπληρωτής Πρόεδρος εκλέγονται με διετή θητεία, ενώ οι Διευθυντές Τομέων και όλοι οι εκπρόσωποι στη Συνέλευση, με ετήσια.

Η Συνέλευση απαρτίζεται από: 

• Τον Πρόεδρο της Σχολής,  Καθηγητή, Νικόλαο Νικητάκη (εκλογές 2022)
• Την Αναπληρωτή Πρόεδρο της Σχολής, Καθηγητήτρια, Σωτηρία Γκιζάνη  (εκλογές 2022)
• Τους Διευθυντές των Τομέων 
  • Κοινωνικής Οδοντιατρικής, Αργυρώ Πολυχρονοπούλου, Καθηγήτρια
  • Οδοντικής Παθολογίας & Θεραπευτικής, Ευστράτιος Παπάζογλου, Καθηγητής
  • Προσθετολογίας, Αναστασία Κοσιώνη, Καθηγήτρια
  • Παθολογίας & Χειρουργικής Στόματος, Χρήστος Περισανίδης, Καθηγητής
  • Βασικών Επιστημών & Βιολογίας Στόματος, Γεώργιος Ηλιάδης, Καθηγητής
• Τους εκπρόσωπους των μελών Δ.Ε.Π. των Τομέων
• Έναν εκπρόσωπο από τα μέλη  Ε.Τ.Ε.Π
• Τους εκπρόσωπους των Φοιτητών του  Προπτυχιακού Προγράμματος, του Μεταπτυχιακού Προγράμματος & των Υποψηφίων Διδακτόρων

Για την ομαλή λειτουργία καθώς και για τη μελέτη ή διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων της αρμοδιότητας της Σχολής έχουν συγκροτηθεί οι  παρακάτω Επιτροπές Διοίκησης