Ο σκοπός του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στην Οδοντιατρική είναι η κατάρτιση κυρίως πτυχιούχων οδοντιάτρων σε εξειδικευμένα και προωθημένα γνωστικά πεδία και στην έρευνα, έτσι ώστε να εξασφαλίζεται η συμβολή τους στην καλλιέργεια και ανάπτυξη της Οδοντιατρικής Επιστήμης, στην αναζήτηση και κατάκτηση νέων επιστημονικών δεδομένων στη διαμόρφωση και προαγωγή της επιστημονικής σκέψης καθώς επίσης η παροχή υψηλού επιπέδου οδοντιατρικής περίθαλψης στην αντιμετώπιση ειδικών κλινικών περιστατικών.

Το ΠΜΣ στην Οδοντιατρική χορηγεί Μεταπτυχιακά Διπλώματα Ειδίκευσης και Διδακτορικά Διπλώματα. Μεταπτυχιακά Διπλώματα Ειδίκευσης χορηγούνται σε 2 κατευθύνσεις.

Η πρώτη κατεύθυνση χορηγεί Μεταπτυχιακά Διπλώματα Ειδίκευσης (ΜΔΕ) στις βασικές επιστήμες και στα επιστημονικά πεδία που ανήκουν στο ευρύτερο γνωστικό αντικείμενο της Οδοντιατρικής και έχουν ως κύριο σκοπό την πρωτογενή επιστημονική ανάπτυξη, την επιστημονική έρευνα και την σε βάθος μελέτη του αντίστοιχου πεδίου.

Η δεύτερη κατεύθυνση αφορά στις κλινικές ειδικεύσεις της Οδοντιατρικής και έχει ως κύριο σκοπό την απόκτηση κλινικών δεξιοτήτων με ισχυρό υπόβαθρο βασικών βιολογικών επιστημονικών γνώσεων, με προληπτική κατεύθυνση και με έφεση για συνεχή ενημέρωση και βελτίωση.

Η απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος (ΔΔ) περιλαμβάνει την μελέτη και τις σπουδές που οδηγούν στην εκπόνηση της Διδακτορικής Διατριβής και στην απόκτηση του ΔΔ στις τέσσερις (4) βασικές Οδοντιατρικές επιστήμες, της Κοινωνικής Οδοντιατρικής, της Βιολογίας Στόματος, των Οδοντιατρικών Βιοϋλικών και της Παθοβιολογίας Στόματος.